Да, вы можете сказать:

I'm gonna kiss you so bad when you are up.

Выражение «when you are up» используется в разговорной речи и означает «когда ты проснёшься» или «когда ты уже не спишь». Это грамматически правильно и звучит естественно.

Однако наиболее распространённым вариантом всё же является «when you wake up». Поэтому фраза «I'm gonna kiss you so bad when you wake up» будет более стандартной.

Таким образом, оба варианта приемлемы, и вы можете использовать «when you are up», если вам так больше нравится.