Энакс, ну де-факто министру ровным счётом ничего не помешало этих самых декретов накатать. В т.ч. возмущение учеников, учителей и пр. Более того, многие (например, некоторые слизеринцы, хех) ещё и радовались. Декреты, которые вмешиваются в жизнь Хогвартса непрямым образом, я думаю, и раньше были. Ну типа там перенесём в такой-то год начало учебного года из-за войны в Европе и т.п. Я думаю, уведомление родителей магглорождённых тоже плотно обкладывается приказами Министерство, потому что граничит со Статутом. В каноне ещё было веселье с дементорами вокруг школы, кстати, это тоже Фадж придумал и приказал. На 7 год, емнип, магглорождённым запретили учиться в Хогвартсе, все съели. Автономия у Хогвартса есть. Но она не настолько огромная, как кажется большинству фикрайтеров. Соответственно и власть директора Хогвартса не такая огромная. Министр при желании в любой момент всю автономию или любую её часть может нарушить. Тут интересно, что министра сильно волнует мнение тех, кто его избирает (и, кстати, загадка, кто это, до сих пор), поэтому он не может прям взять и что угодно сделать, так и сместить могут, как с Фаджем было. Но это, похоже, единственное ограничение.