С умными героями и путешествиями во времени... Врата Штейна читали? Там, насколько помню и похожая идея реализована, и множество различных отсылок и ссылок в примечаниях расшифрованы и одновременно в отдельном специальном разделе поданы.
Если использовать не просто выбор такой-то - переход туда-то, а функции с переменными, то начудить можно многое. Как раз это самое ваше: линейная вводная часть, пошло ветвление обучающее и набирающее значения переменных, а затем уход на рут - в зависимости от набранных переменных или вовсе рандомайзером, и понеслась... а после при очередном возвращении к развилке рутов, если набрались все/конкретные значения пройденных ранее подсюжеток/вариантов - вывод на этот ваш финальный рут.
И сюжетно это как раз и будут эти ваши временные петли.
Возможно, также через те же переменные, если какой-нибудь глоссарий, энциклопедия, ещё в игре сделано как глава/что-то иное, между чем и сюжетом можно переключаться, то если игрок любознательный, и заходит туда порой, то информация в таком разделе появляется по ходу сюжета, в зависимости от сделанных выборов, и если он эту инфу прочитал (открыл и пролистал слайды с ней до конца), то где-то в сюжете далее может этим воспользоваться - активируется ранее скрытый вариант развилки (если, конечно, в глоссарий игрок не залкз слишком поздно, главв через три, конда надо было не более чем через одну).
Да и банальщина из всяких юнитевских КР - есть два варианта ответа - с кратким повествованием, чтобы быстрее дальше по сюжетке идти, и более растянутый по слайдам вариант с подробными описаниями каких-то ситуаций/инфологов.
Тут насчет ренпая не знаю, но банально в новеллы вводят помимо вариантов ответа текстовые ответные поля, с прописанным правильным текстом ответа на что-то происходящее в игре. К примеру, спрашивает персонаж пресловутую загадку про сфинкса, самое простое - ввести развилки с предписанными ответами, сложнее - поле, куда ручками надо вбить само слово. + сам сюжет игры чтобы требовал от игрока неких познаний вне игровых рамок.
Или порой в визуальные новеллы на том же ренпае пихают мини-игры. Возможно, в зависимости от самой мини-игры и сюжета новеллы, можно сделать модификатор, зависящий от результатов в мини-игре, и дающий некие новые развилки в ходе новеллы.

Но как бы всё равно большинство ответвлений в новелле всё равно будет лишь немного отходить от основной линии и в конце концов вливаться в неё же, может, с небольшим развлетвлением в финале в награду. Так как да, полноценное разделение истории на все более отличный друг от друга сюжет с каждым выбором - это жесть. И тут еще хороший вопрос, а не кинет ли игрок повторное прохождение, даже если руты совершенно разные выходят, но их при этом чрезмерно много?

Временную петлю всегда можно объяснить, что происходящее сон же. При обывальщине немного тут подходит штамп с амнезией героя и "все пиздят" - Вспоминается старая вн и аниме Амнезия. Не помню только, добавлялась ли там мистика или нет. Но при этом вайбы именно дня сурка были.
В конце концов, пусть у вас основной сюжет новелыы повторяется с изменениями, так как его обрамует метасюжет, что основная история как раз игра (компьютерная, партия в днд) или съемка фильма, где режиссёр всё никак не определится со сценарием, с переигровками как глав, так и отдельных сцен.