Lost-in-TARDIS
Жнецы крайне высокомерны. Обнаружив что-то непонятное они не обязательно будут считать это угрозой.

Всё зависит от первого контакта. Если им удастся захватить "язык", то они быстро считают его память и узнают главные факты о той цивилизации.
Так что всё зависит от того, сколько цитадель узнает о них при первом контакте. А чакра слишком не вписывается в техногенную реальность, чтобы её начали искать просто так.

Это в каноне. Но чтобы стать космической цивилизацией, им надо поднять энерговооруженность, а чакрогенератор не построишь. Так что один из вариантов - собирать чакру с населения.

Как один из вариантов: им надо победить в типичной первой стычке с турианцами. От пленных они узнают всё, что надо. А самим пленным стирают память. А дальше начинается Большая Игра.

Ну да. Сначала говорить: "Мы вам ещё не доверяем". В это время, за недельку, создаётся Потёмкинская колония, куда инопланетянам вход полностью свободен. Ну, и дальше по ситуации.
Шиноби же не надо будет полностью перестраивать технологический облик цивилизации. У них есть электричество. Им надо будет только спрятать всё относящееся к чакре.

Ну да, что-то заметят и постараются. Но на то она и Большая Игра, что не идёт в одни ворота. Рано или поздно цитадель узнает о чакре. Вопрос только в том: будет ли это рано или поздно?
Кстати, если они так и останутся "цивилизацией С шиноби", то скрыть чакру будет проще. Потому что выставить на обозрение нормалов без чакры, а всё чакросодержащее скрыть будет не так сложно, как если бы это была "цивилизация шиноби".