В непрофильных госструктурах РФ (может, за исключением каких-нибудь засекреченных и/или относящихся к государственному финтеху) с этим прямо беда-беда. В лучшем случае, создание собственного ПО не регламентировано никак, а его результаты фиксируются в заявительном порядке – сделали что-то полезное, направили листинг кода в Роспатент, получили свидетельство о регистрации и можете вписать его номер в отчётность. В худшем – документирование кода осуществляется по стандартам времён АЛГОЛа и раннего ФОРТРАНа. Все известные мне прецеденты организации сколько-то современного процесса разработки и документирования кода с использованием возможностей систем контроля версий – заслуга исполнителей на местах на уровне не выше начальников отделов/секторов на производстве и заведующих лабораторий в науке.

Лично был свидетелем того, как численная модель мирового уровня, развивающаяся с конца 70-ых и обеспечивающая работой целый НИИ, пишется программистами по кусочкам, а документация представлена нарисованными от руки блок-схемами и обрывочными комментариями в коде. Я очень надеюсь, что хотя бы в специализированных организациях-разработчиках окологосударственного ПО ситуация лучше обстоит, но терзают меня смутные сомнения.