Хинату с Неджи — "дело семейное"
Наруто с Саске — классика
Сакура с Какаши — учитель и ученица это так по-самурайски
Конан/Яхико/Ногато — с бродяжьих дней до самого конца
P.S. Никого ни с кем не шипперю, но эти пейринги возникали в голове, когда ещё смотрел Наруто (давно это было).