Выскажу свое мнение как читательница. Все эти "справочные материалы", безусловно оооочень полезные и нужные автору, подавляющему большинству читателей не нужны и не интересны.
Какая-то недосказанность и возможность более одной интерпретации во многом и делает искусство привлекательным. Поэтому если автор ответил не на все вопросы, которые могут возникнуть по ходу чтения, то это не плохо, а скорее всего даже плюс, а не минус.
Популярные фандомы это как раз те, где есть возможность полемики, всякие серые зоны, мисин-сины, неоднозначные персонажи и отношения между ними, а не те, где всё запротоколировано в "справочных материалах".
Кроме того, если речь идет о фикрайтерстве, то автор, как правило, где-то в открытом доступе и в большинстве случаев даже сам жаждет общения на тему своего фанфика, поэтому нет никакой проблемы у автора спросить, что не понятно. Если автор с порога написал, что за всем непонятным надо обращаться в какие-то "справочные материалы", то это, я думаю, только отпугнет потенциального читателя, независимо от того, как эти материалы организованы и где лежат. Потенциальный читатель останется потенциальным и не заглянет ни в фанфик, ни в материалы.

С другой стороны, я прекрасно понимаю, что "справочные материалы" нужны автору, и работа над ними точно так же идет на пользу произведению, как и работа непосредственно над ним. Поэтому вложения автора в "справочные материалы" оправданы, а не бессмысленная трата времени. И я прекрасно понимаю, что когда затрачиваются какие-то силы и время и в итоге выходит какая-то вещь, которая очень интересна для самого автора и помогает ему, то очень хочется ей поделиться со всем миром. Можно ей поделиться - не вопрос. Если автору приятно, чтобы "справочные материалы" лежали в открытом доступе - конечно, их надо где-то положить в открытый доступ. Но подальше от текста фанфика :). Заморачиваться вопросом куда - вообще не стоит. Куда удобно автору. Я бы в один файл всё собрала и выложила в какое-то облако. Рекламировала бы как набор хэдканонных мыслей о фандоме, которые пришли мне в голову при работе над фанфиком :).