Министерство это не единый организм с единой волей. Сначала профит (через министерские структуры) получали старые семьи, со временем Министерство отжало у них право на получение и распределение маггловских ресурсов, но в Министерстве стала заправлять новая элита, им вполне понравилась бы возможность включить в эту цепочку себя в качестве посредников, делая галлеоны из воздуха.