Иногда они банально интереснее прописаны, чем главные герои.

Или канон настолько жестоко их увечит морально и физически, что их становится жалко; тем более часто именно это, канонно, и превращает нормальных в злодеев, и даже не просто какие-то случайные абстрактные факторы, а зло более глобальное и отвратительное (которому уже, конечно, симпатизировать не получится никак). Мне, например, искренне жаль Равуса и Сеферота из Final Fantasy. В отношении всего подобного я всё-таки придерживаюсь точки зрения Вэша из Тригана и хочу идти путем спасения - всех, - а не убийства.

А еще злодеи нередко красивее. :)

Также могу не разделять точку зрения главных героев до такой степени, что на ее фоне поведение злодеев выглядит более адекватным.