Вот идея, что василиск может использоваться для защиты Хогвартса - вполне вменяемая. Он же не самостоятельно хочет охотиться на магглорождённых - постановка цели является задачей наследника. А про мотивацию Салазара мы знаем не так много, да и то что есть могло быть переврано ради соответствия "идее чистокровности".
Так что вполне мог уйти из-за несогласия с политикой остальных основателей и оставить василиска для защиты Хогвартса, в том числе и от маглов с сочувствующими. А в легенде всё кроме борьбы с маглами и маглорождёнными до нас не дошло.