Философия - это логический метод познания себя и мира.
И при том религия никогда не была помехой философии. Практически все философские течения имели как атеистический, так и духовный уклон.
Вера - это не более чем моральный ориентир, формирующий систему ценностей. Человеческое сознание пластично и способно выстраивать абсолютно любые причинно-следственные связи в рамках вашей картины мира. И то, что одному может со стороны показаться абсолютно алогичным, у другого будет вполне обосновано.
Другое дело, когда речь идет о религиозном фанатизме, когда вера не требует логического осмысления, а диктует определенные установки и нормы поведения, основываясь на одном лишь "страхе божьем". Как правило это социально уязвимые и психически травмированные люди. И любые их попытки понять "замысел божий" может расцениваться как смертный грех. И тут уже не до логики, люди существуют в перманентном экзистенциальном ужасе.