Может тут как со смесью спирта и воды? Объем меньше, чем суммарный объем жидкостей(веществ)
Может жидкость выкипела или резко увеличилась плотность зелья?
Остатки ингредиентов впитали в себя жидкость, разбухнув и упали в осадок? То что осталось - ушло в фиалы.