Nepisaka
Нет, это для них в суде был бы плохой довод, так как загранпаспорт не имеет сам по себе ни потребительской стоимости, ни иной ценности. Любой суд скажет, что это факт, не требующий доказательства, - загранпаспорт приобретается только для поездок за границу, и МВД должно это учитывать. Водитель же за рулём автомобиля должен учитывать, что он может столкнуться с любой машиной, а не с какой-то конкретной, так и тут. Можно попробовать провести аналогию - если на вокзале в кассе человеку напечатали билет на пригородную электричку, который без паспорта продаётся, а на перроне с билета осыпались бы чернила и человек не смог уехать, - понятно, что продавец билетов будет отвечать здесь за сорванную поездку, а не за некачественный билет.

Здесь в договоре вообще ничего нет про этот случай, только указание, что ни турагент, ни туроператор не отвечают за невыдачу визы, но это сюда не подходит. А договора турагента с туроператором у нас нет, конечно.