Думаю, нет ничего плохого в том, что автор симпатизирует главному герою, но автору не стоит делать главного героя идеальным, надо показать его недостатки, дать ему совершать ошибки и сделать так, чтобы он учился на ошибках.
Разумеется. Лишь бы не переборщить с недостатками (почему-то сейчас считается, что честные, порядочные, благородные и притом яркие и целеустремленные персонажи - это что-то нереальное или попросту скучное). Хотя для ситхов норма - считать пороки достоинствами, а достоинства пороками (как в той же трилогии Бэйна). Так что приходится автору буквально влезать в шкуру каждого персонажа, думать и чувствовать, как он, по сути проходить с ним его путь.
Не люблю саморекламу, но могу посоветовать мою статью "Трехмерный персонаж" - как раз о проработке персонажей с нуля, буквально по пунктам, но без анкет. Возможно, пригодится. Или сразу первоисточник этой методики - книгу "Живой текст" Карен Визнер.