По-моему, все же голубые: об этом говорится в самом начале "Осенних сумерек", когда Танис замечает разницу.
А карие действительно упоминаются после... гхм... определенного слияния с Фистандантилусом, так что, возможно, это _его_ глаза, а не Рейстлина. Рейстлин, заметьте, и мучиться кашлем перестал на тот период, когда они были... гхм... неким единым целым.