Если у вас файл docx с заголовками, то сайт https://convertio.co/ru/docx-fb2/ прекрасно его переформатирует в fb2 с заголовками. Этот сайт вообще может почти что угодно во что угодно переформатировать. Ещё fb2 "из коробки" умеет создавать LibreOffice.