Я использую два инструмента в связке:

а) мобильные заметки -- удобно записать любое замечание по тексту, когда бы оно не пришло в голову. Критика, просто удачная мысль, вопрос к себе как к автору.

Эти заметки потом разбираются, и либо удаляются, либо сразу используются в тексте, либо идут в план будущей работы.

б) планы работы. Это может быть план конкретной главы, нескольких глав, жизненный путь персонажа, его биография-досье, информация о каком-нибудь конкретном месте или историческом событии, которые используется в тексте... Все, что покажется удобным и нужным. По мере работы какие-то планы удаляются как больше ненужные, какие-то изменяются и дополняются.

Таким образом, если я чего-то не знаю -- то всегда понимаю, где посмотреть. :)