Матемаг
Да нет, великое множество людей творят плохие, с их точки зрения, вещи вполне осознанно. Иногда придумывая себе оправдания, но не споря с самой морально-этической оценкой деяния как плохого. Большинство преступников, осуждённых по не политическим статьям, не спорят с тем, что они сделали что-то плохое (не противоправное, а именно плохое), просто большинство усматривают к этому некие оправдания: "а иначе не прожить", "да меня спровоцировали", "да все так делают" и т.д. Не думаю, что какой-нибудь коррупционер, насильник или вор-домушник искренне верит, что они делают благое дело.

Формулировка вопроса об этичности существования такой структуры слишком экзистенциальна, чтобы с ней спорили носители соответствующего мировоззрения даже изнутри-снизу или со стороны этой структуры. Легко оспорить те или иные действия создателя структуры с позиций того или иного мировоззрения, но сам факт её существования вызывать вопросов у них не должен. Католики могут ворчать, что Его Святейшество недостаточно усердно спасает души своей паствы, марксисты – что генсек неправильно строит материальные основы коммунизма, а рационалисты – что председатель Академии наук ошибается в распределении финансирования между НИИ, но сам факт существования соответствующих структур они оспаривать не будут.