Наиболее безобидный вариант в плане (не)возможности к нему придраться 😉:

Пожиратель вопросительно посмотрел на Риддла — и, когда тот кивнул, забрал ее.

Перед И не надо запятой: «посмотрел» и «забрал» — это однородные сказуемые, оба относятся к «пожирателю». А тире не даст «слипнуться» имени Риддла с союзом И, а также указывает на паузу: это то, что вы характеризуете как «запоздалую часть с присоединительным значением».
А «когда тот кивнул» обособляется запятыми с обеих сторон: это придаточное предложение, а «забрал» относится к главному. Заменять его тире не стоит: знаки обособления с обеих сторон лучше делать одинаковыми.