Можно подключить магов к матрице, они "колдуют мозгом" в своих капсулах, скажем, крутят левиозой роторы генераторов. Или ещё как-то.
Тогда идея, что матрица использует человеков(магов) как батарейки - более верибельна.

we need to go deeper
Маглы были истреблены матрицей/магами из матрицы
При отключении от матрицы - магические способности как-то хитро блочатся, но иногда рождаются избранные, у которых они сохраняются или даже усиливаются при отключении от матрицы.
Нео был одним из таких..