Да причин море вообще-то.
1) Конкуренты за власть на умами (причем, что характерно, осуждение колдунов и магов прослеживается в ЛЮБОЙ монотеистической религии)

2) Жадность. Бедные маги - это возможно только в условиях статута секретности. В остальном - без строго ошейника маги были неостановимы, и соответвенно - весьма небедные.

3) Не говоря уже о том, что не нужно уничтожать всех. Нужна покорность. Часть магов просто стали работать на церковь - вот и все.

4) Внутрецерковная политика. Один иерарх говорил одно, его враг по магам имел противоположное мнение. Решил магов прижать, начал войну. А потом уже закончить пришлось другим..

Это так, что лежит на самом верху.