"Филлис пока что младше, это раз. Она достаточно близко общается с Гарри Поттером, на которого и Амбридж, и Дамблдор, и Фадж смотрят с подозрением, это два. Летом Фадж даже обнаружил Гарри дома у Филлис - ни к кому из других своих друзей он не отправился, именно к ней."

Да, о Гарри Поттере я как-то позабыла в своих рассуждениях. Как и о том, что Ваш Гарри - это уже не послушная марионетка из канона. У Вас в фике Гарри, конечно, далеко не все решения принимает сам, к некоторым его подталкивают исподволь более могущественные и влиятельные силы. Но, как мне кажется, общение с Расальхаг пробудило в нем понятие о собственных интересах. Он уже не так дружен с Гермионой, как в каноне; им есть, что скрывать друг от друга (примем не только одной Гермионе). Рон и вовсе болтается где-то сбоку, и большого значения дружба с ним для Гарри, опять же, уже не играет.

Вот только я забыла, в чем именно Фадж подозревает Поттера. Потому что Дамблдор, который реально составлял политическую конкуренцию Фаджу, ушел после истории с василиском из Хогвартса и влиять на умы подрастающего поколения, консолидировать их вокруг себя, по крайней мере, напрямую, уже не может. Да и отношения между Дамбусом и Фаджем в Вашем фике по-прежнему хорошие, врагами они еще не успели стать. Опять же, заговор с участием Фламелей, о котором Фадж, как минимум, знает, раз Пернелла изображает в Хоге не кого-нибудь (например, просто нового препода), а ближайшую помощницу Фаджа.
Какую опасность Фадж увидел для себя в подростке, которому 11-12 лет? (ведь заговор, если я правильно помню, начал создаваться еще тогда, если не раньше) Сомневаюсь, что ему рассказали о хрюксах. Разве что преподнесли историю так, что "победивший Темного Лорда сам становится Темным Лордом", как в аналогии с драконом?

"Фадж не в курсе, как много Шерил знала о прежней жизни своего мужа, но он не исключает варианта, что через нее можно выйти и на Каро, и на Уилкиса."

А подослать кого-нибудь и расспросить ту же Шерил не вариант? Не думаю, что тот же Фадж поскупился бы на сыворотку правды ради такого случая.
Наконец, Шерил - маггла. Уже одно это было бы достаточным основанием для ее мужа не рассказывать всю правду о себе. Тем более, такую правду, за которую и убить могут.

"Фадж не хочет дожидаться момента, когда все это сработает против него, он играет на предупреждение."

Ну да, тут он действует вполне вхарактерно. Я имею в виду, в сравнении с каноном, если брать ГП и ОФ.