"Возможно, хотя почему этот компромат не всплыл раньше?
Уверен, сокрытие этого момента в биографии Риддла заслуживает отдельной истории =)"

Я думаю, тут может быть два варианта:

1) ТЛ поверили на слово, что он наследник Слизерина (носил перстень), он был вхож в дома чистокровных семейств, известных своими профашистскими взглядами и везде находил поддержку. Проверить же его личность никто не удосужился. Школьные учителя, которые знали его как ТМР, помалкивали, даже великий и могучий Альбус Дамблдор, а однокурсники, которым могло быть что-то известно, уже мертвы.

2) Кто-то из ПС, например, Снейп или Малфой, догадался об истинном происхождении ТЛ, но помалкивал из страха быть раскрытым, убитым ТЛ или же другими ПС, н-р, Беллой.

"ГБ будет истреблять оборотней так же, как и магглов?"

Пока не знаю. Магглов он тоже не сильно пока истребляет. Но точно не будет с ними сотрудничать. Как минимум, это будет еще больше ограничение в правах, а также, возможно, резервации или концлагеря.

"В таком случае, ГП убивает ТЛ, но пожиратели служат Бранау и все приходит к тому сценарию, который мы видели при нападении на лабораторию в будущем?"

Пока не знаю, но я предполагала, что где-то в течение у/г ГБ собственноручно убивает ТЛ, демонстрируя всем остальным свою силу, и оглашает компромат, используя различные способы, чтобы заставить остальных ПС перейти на свою сторону. Далее они вырабатывают долгосрочную программу действий, и уже следствием этого будет нападение ПС на лабораторию в будущем.