Маги никак не могли жить "робинзонами", даже если бы самодостаточными. Во-первых, это означает родоплеменной строй (с рядом забавных психологических вывихов типа "не относится к моему племени - не человек, а животное или демон") - а с маглами маги как-то торговали; во-вторых, у магов должно быть какое-то территориальное или профессиональное объединение, чтобы мериться крутостью (по неким общим критериям!) и согласовывать цены на услуги. У Сыромятниковой хорошо описано общение чёрных магов.
Объединяться против "чужаков" - общее свойство всех людей, так что заметив убыль в клубе, а тем более геноцид...

Ещё меня смущает вот это "внезапно" от Церкви. Маги были по сеттингу всегда, и наверняка и маглы пытались уничтожить/подчинить магов, и маги занять положение в обществе (магловском и магическом) повыше, в том числе с использование магии. При этом ещё первобытный вождь наверняка понимал, что если таки сговориться с учеником шамана и убить учителя, который что-то слишком много авторитета набрал в племени, то охота хуже становится, люди чаще от болезней умирают, и т.п. Так что должно было на каждой территории установиться какое-то равновесие от "князь-маг во главе" до "магическое гетто с ограничением максимальной численности".

могу вспомнить только один довод "за" описанный расклад: терроризм как тактика сформировался сильно позже, так что магам могло просто не придти в голову в ответ на нападение воинов жечь деревни для воздействие на монарха; против возможности политических убийств возразить нечего. Вообще, терроризм начал работать только с распространением идей гуманизма и НТР, до этого основной идеей было "бабы ещё нарожают", а принудительное переселение сервов на обезлюдевшие или опустошённые земли было обычным делом.