Есть точка зрения, что Гермиона слишком напоминает Снейпу его самого в школьные года. Отсюла и некотрая неприязнь. Хотя и простил он ей многое.
Но что б он говнился на других студенток, такого в каноне нет. Та же Джинни на Снейпа не жалуется. Или Полумна. Да и с МакГонагалл они ухитряются уживаться относительно мирно, хотя казалось бы...