madness, ну, можно и чистой случайностью, по законам, сходным или совпадающим с биологическими. Не акцентировал внимание на этом моменте, поскольку вы сосредоточились на представлении реальном и виртуальном представлении этого гена. Как вариант, случайность может быть не простой статистической (то есть 1/5 - такие, 1/4 - другие и т.п.), а более близкой к биологической, вплоть до полного повторения механизма наследования, как будто этот ген реально присутствует в ДНК. Или же, напротив, могут быть совсем не подобные естественным искажения механизма передачи гена - это уж зависит от целей ИМ/разработчиков ИМ.

"а это хоть и без непосредственного участия человека, но не само по себе." - а что вы подразумеваете под "само по себе"? Допустим, я хочу есть, но рядом нет еды. "Программа" утоления голода не запустится, а запустится "программа" поиска пищи. По-моему, выполнение условий для того или иного поведения - это общее межде разумом и программой. Даже разница в строгости исполнения условий может быть частично или полностью обойдена, например, с помощью нейросети. Поэтому то или иное поведение при выполнении тех или иных условий - это, по моему мнению, вписывается в "само по себе". Разница в том, что программа не способна эти условия определить самостоятельно. А даже если способна - то не может определить и осознать основные принципы, на которых базируется. Иначе это будет уже не программа, а ИИ или даже ИР.
Если ИМ является только программой, то у него вполне может быть предусмотрены действия насчёт отсутствия или недостатка детей. Напрашивается, что будут появляться случайно или по какому-то признаку (то есть признак может быть, но он не обязан быть биологическим, а может быть социальным, психологическим, комплексным...) выбранные магглорождённые, что и происходит. Как другой вариант, они будут рождаться в любом случае, просто варьируется их количество. Если, например, человечество достигнет критически низкой отметки численности - ИМ может автоматически прекратить работу или вмешаться в социум прямо. Заметьте - поведение ИИ может ничем не отличаться от поведения программы, если не случилось что-то совсем уж непредусмотренное, ИИ и программу внешне не отличить, более того, не отличить и внутренне в этом отношении: ИИ и программа будут руководствоваться одинаковой логикой, просто ИИ осознанно, а программа - нет, но оба - самостоятельно, "сами по себе".
Извиняюсь, если изложил мысль "нечётко", акцентировавшись на том, что было и так понятно.