Логика где-то поломалась, автор, извините за прямоту.
Вы пишите, что Гарри и Гермионе было трудно поступать иначе, чем они поступали в прошлом, трудно изменять это прошлое. Но... В каноне они поступали иначе, чем в прошлом. Они следили за собой из прошлого, а не повторяли прошлые действия. Я что-то не понимаю, что вы имеете в виду. Это же были Гарри и Гермиона из будущего, правильно? Или они у вас каким-то образом "впрыгнули" в самих себя из прошлого и уже действовали "в их шкурах"? Поясните, пожалуйста, этот момент, от этого много зависит в понимании.
Потому что, если это были действительно Гарри и Гермиона из будущего (к чему я сильно склоняюсь), то... Куда делись Гермиона с Гарри из прошлого, которых Рон дожидался один в гостиной? Те Гарри и Гермиона, с которыми ещё ничего не произошло и не произойдет? Они тоже схватили хроноворот и отправились исправлять своё прошлое? Это зачем же? Там все хорошо у них было. Клювика не казнили, Сириуса, можно сказать, уже оправдали, Петтигрю поймали, Люпин не обратился. Так где же они?
И очень даже понятно, почему в конце оказалось, что Гермиона всё-таки заразилась. Это прямиком следует из текста, и никакая философия для объяснения не нужна. Гермиона и Гарри отправились в прошлое будучи зараженными, и на выходе из этого приключения они остались собой — а значит, зараженными. На что, собственно, рассчитывала Гермиона в таких обстоятельствах, мне не понятно. Она изменила прошлое для всех, кроме себя — лично себя (Гарри — аналогично).
Куда делись те Гарри и Гермиона, которые вместе с Роном во всех этих перипетиях так и не поучаствовали, вы нигде в тексте не обозначили, и это корень всех непоняток.
Это уже не первый текст, к которому я пишу подобное замечание, если что. Ну вот смотрите. Ты такой возвращаешься с хроноворотом в прошлое, изменяешь события так, что другому тебе из прошлого не приходится их пережить, а значит у него не возникнет необходимости в свою очередь отправиться в прошлое. Он живёт себе ничего не ведая дальше, и ты такой... тоже живёшь: время возврата истекло, ты снова на отправной точке — куда тебе деваться? — живёшь. И теперь тебя, вроде как, два экземпляра...
Если я правильно поняла, в вашем тексте остались только "первые" Гарри и Гермиона (которые "успели" заразиться). А вот "вторые" —бесследно исчезли в какой-то неопределенный момент, Рон их так и не дождался, бедняга, к нему пришли чужие Гарри и Гермиона — реликты неизменённого прошлого.
Много-много вопросительных знаков...