"Допустим, Германия получилась немало бонусов от послевоенного сотрудничества с СССР. Но не было ли у главного героя потом проблем, что он якобы работает на чужую страну, иностранный шпион и т.д.?"

Были... Но не у него. Он предпочтительно старался работать у магглов посредством чужих рук. А среди магического населения Германии, если кто и говорил, то немногие... Все понимали что будет, дорвись до Германии Великий Светлый Маг и его стаи стервятников. Также как и бравые парни из САСШ