На террор будут отвечать ещё большим террором. Убивают семьи военных? Будем убивать семьи маглорожденных! Наносят удары адским пламенем? Будем наносить удары по поместьям чистокровных (местоположение укажут перебежчики). И не просто бомбардировками, а MOAB'ами или тактическим ЯО, чтобы ни у кого и мысли не было адское пламя применить. В итоге маглорожденные ничего не предпримут из страха за свои семьи, а чистокровные сильно уменьшатся в числе. Но вообще магический народ очень пассивен, и скорее побегут сдаваться и прятаться, нежели воевать (они с Вольдемортом так поступали, а тут враг намного сильнее и не понятнее, а потому кажется и вовсе сверхмогущественным).
Да, конечно, для нанесения дальнейших ударов по магам надо знать их положение, а концентрированных магических объектов создавать никто не будет. Но есть и положительные стороны - коль скоро у маглов скопилось приличное количество перебежчиков, можно попросту объявить их законным магическим сообществом. Естественно, шпионов среди магов у военных хватит (из числа тех же перебежчиков - никто же не будет афишировать, что он переметнулся на другую сторону, а в хаосе первых дней войны это отследить невозможно). При этом всё, что нужно знать военным - местоположения оставшихся магов. А вот у магов напряг - можно заполучить сколь угодно много простых солдат и сержантов для допросов, но они ничего нужного знать не будут - для выяснения планов ударов нужны кадры не ниже полковников, которые, естественно, озаботятся своей защитой. И вообще, я так думаю, хватит простых угроз применения ядерного оружия (после Хогвартса маги его как чёрт ладана бояться будут) и стирания с лица земли парочки особняков чистокровных в ответ на применения адского пламени - убоятся и побегут сдаваться пачкам.