Ну можно ее обосновать тем, что они привносят чужую культуру, мировоззрение. Не уважают традиции общества в которое попадают.
Чужаки, одним словом. К чужакам всегда в любом обществе оносятся настороженно.
Во многих фиках это описывается с разной степенью критичности, так что не буду особенно распостраняться.
На самом деле все должно решаться диалогом и разумным подходом к проблеме. Маги не могу без маглорожденных, вымрут-с. Родная генетика, однако. И маглорожденных следует учить, как жить в магмире с самого начала.
А маглорожденным вести себя уважительнее. Как-то так.