Господа и дамы, мне очень печально видеть, как два дебошира заводят толпу.

Лили Поттер - потому что на время канона она именно Поттер. По этой же причине Беллатриса Лестрейндж, Андромеда Тонкс, Нарцисса Малфой и Гермиона Грейнджер с Джинни Уизли. Да, мы знаем, что в девичестве все три сестры носили фамилию Блэк, а Лили и Петуния были Эванс, и знаем, что в эпилоге Гермиона и Джинни сменили фамилии, но запомнились-то они читателям книг под теми фамилиями, которые указаны в энциклопедии.

Есть и другой вариант именования - Меропа Гонт названа девичьей фамилией, потому что в каноне эта её фамилия играет больше роли и чаще используется, хотя, судя по всему, на момент действия канона она все же Риддл.

С Волдемортом ситуация похуже. Когда-то, когда не шло и речи об отдельных страницах для персонажей и об энциклопедии, было создано два персонажа. По-хорошему, именно тогда надо было создать не отдельного персонажа под Тома Риддла, а событие Том Риддл - человек. Сейчас же проставить это событие автоматически не получится. Далеко не все авторы, выбирали персонажа Волдеморт/Том Риддл в шапку из соображений человечности или времени действия. А некоторые специально указывали обоих, чтобы любой поисковый запрос выдавал их фанфик.

Со временем это событие авторы расставят (можно писать через форму жалобы о необходимости его добавления в старые фанфики - я сам сделаю) и всё будет хорошо. Зато уже сейчас люди, не посвященные в тонкости работы Фанфикса, смогут найти все фанфики с интересующим их персонажем.

P.S. Если в комментариях начнется флуд, то я и все удалю и закрою комментирование.