Здравствуйте. Извините, что долго не отвечал.

Вы довольно кратко сформулировали свою цель и не совсем ясно, что требуется.

Самые популярные фанфики по Гарри Поттеру в рунете можно посмотреть вот так: http://www.fanfics.me/fandom2?action=rating&soaction=stat&top=stat_all&status=1
Именно по Гарри Поттеру цифры с Фанфикса будут соответствовать истине для всего рунета.

Если же вас интересует более показательный список с точки зрения различных сюжетных приёмов, то это надо обсуждать отдельно. Это будет сложнее, но можно выбрать, например:

Гарри Поттер и Методы рационального мышления Гарри Поттер и Методы Рационального Мышления
Однозначно и неоспоримо самый популярный фанфик по фандому Гарри Поттера причем не только в рунете, так как это перевод, а оригинал написан на английском языке.

Рики Макарони http://www.fanfics.me/serie39
Целая серия фанфиков объемом сравнимая с исходной серией книг о Гарри Поттере (7 книг, общим объемом в 7 Мб текста).
Это фанфики о маленьком мальчике Рики Макарони, который, как и Гарри Поттер, в 11 лет узнаёт о волшебстве и едет учиться в Хогвартс. Но его учёба в Хогвартсе сильно отличается от приключений Гарри Поттера, ещё бы, ведь этот мальчик на самом деле Волдеморт, пораженный проклятием обращения времени.
Кстати, серия написана филологом, которая защищала диплом по теме фанфикшена.

Цвет Надежды Цвет Надежды
Фанфик был написан ещё в 2004-2007 годах и не учитывает событиях 6 и 7 книг канона. Это большой роман объемом с четыре современных художественных книги, основная сюжетная линия которого - любовь между Драко Малфоем и Гермионой Грейнджер.

Французская Магия Французская магия
Фанфик, отражающий современные тенденции в фанфикшене - в мир Роулинг привнесено много нового: живая магия, наследия магических родов, родовые сейфы в Гринготтсе и многое другое. Здесь Гарри Поттер внезапно становится совсем другим - очень сильным магом, очень жестким и расчетливым человеком. В пару Гарри Поттеру автор выбрал француженку - Флер Делакур.
Автор - психолог по образованию, к сожалению, год назад он скончался.

Директор Директор
и
Деканы Деканы
Два фанфика, один продолжает другой. В них рассказывается история Альбуса Дамблдора и его работы в Хогвартсе, от того момента, когда он был ещё только деканом Гриффиндора, а магической Англии угрожал живой Волдеморт.

Её сердце Ее сердце
Пронзительная драма о новом персонаже, который учится в Хогвартсе вместе с детьми золотого трио. Это история о том, что магия не главное в жизни, о дружбе, о надежде.

Гарри Макгонагалл Гарри МакГонагалл
Гарри воспитала профессор МакГонагалл

Школьный демон http://www.fanfics.me/serie308
Серия из четырёх больших фанфиков и нескольких маленьких. Очень популярная. В Гарри Поттера вселяется демон и он становится совсем не добрым мальчиком.

Власть мечей и магии. Часть 1 Власть мечей Власть мечей и магии. Часть 1 Власть мечей
Кроссовер Гарри Поттера и Горца (который бессмертный "останется только один"). В главных ролях Северус Снейп, сражающийся на мечах.

Время цветущих яблонь Время цветущих яблонь
Кроссовер Гарри Поттера и "Янтарных хроник" Желязны.