Стоит ли ввести новое понятие "субфандом"?
Смысл в том, что значимые фанфики с тегом AU это уже практически другой канон. Но этот канон ещё узнаваем в рамках оригинальной франшизы.

Оформлять такой фандом отдельно смысла особого нет. Но и текст по нему не вполне вписывается в рамки исходного фандома, слишком много изменений и допущений считается автором знакомыми читателю (не пересказывать же всю историю МРМ?))).

И вот по этому субфандому кто-то хочет написать фанфик. Что ему делать? (я так понял, что это и есть тема обсуждения)

Будь я редактором, я бы сказал - пиши. Но, поставь в примечаниях (либо ещё где) название субфандома.
(Стань это явление популярным, возможно Реф даже добавит отдельное поле в шапке)))