Как человек, ни дня не изучавший русский язык официально, авторитетно заявляю: оба варианта какие-то упоротые.

в смысле, опущено слово "приходился"?
>капитаном которому приходился

хотя все равно как-то упорото

Может, вообще лучше "капитан которого" или "чей капитан"?

Или: ...где капитаном - обладатель волшебного рога

DAOS
о, вариант с где реально лучше обоих, спасибо

Мне кажется предложение вообще сломано

"... чей адмирал - обладатель...". :) А "которым командует" вообще правильней. Потому что капитан на одном корабле, а командующий флотом по-другому зовется.

Обычно "флот, капитан которого".

Или "флот, которому Йода капитаном поставлен за язык его интересный дюже и меч волшебный, светошашкой называемый".

Порядок слов заставляет предполагать, что все же ошибка. С таким порядком нужно было "капитаном которого".
Согласна насчет пропущенного "приходится", но при таком раскладе предложение должно было бы звучать как: "А где-то уже совсем близко Железный Флот, которому капитаном - обладатель волшебного рога". Если же сохранять порядок слов автора, нужно было менять падеж капитана: "А где-то уже совсем близко Железный Флот, капитан которому - обладатель волшебного рога" Этот вариант мне кажется самым стилистически аккуратным)))