Боже, вы такие все наивные.
Если отбросить розовые очки восприятия мира Гарри, то магический мир и в каноные времена темноватый (причем, без влияния волдеморта). А что было в более ранние века, ведь там даже детей в школе перестали в качестве наказания подвешивать на цепях относительно недавно?
Мне очевидно, что популяция сов была создана искусственно: наловили сквибов, и трансфигурировали их в сов. Тоже самое с книзлами и прочими "магическими" версиями домашних животных.

Думаете это всё? У магов регулярно появляются сквибы. Очевидно, что магические совы могут постепенно вырождаться в обычных. И чтобы этого не происходило, нужно регулярно...

Не удивлюсь, если и в канонные времена у магазинчика сов есть тёмная изнанка.