В момент выхода кинофильм был очень холодно принят как критиками, так и публикой, однако со временем картина приобрела статус, рядом источников оцениваемый как культовый.

По мнению критиков, в узких кругах «Зелёный слоник» снискал реноме самого омерзительного фильма в истории, однако по мнению Валерия Кичина, «запрещать его бессмысленно уже потому, что из-за рвотных порывов никому не удалось досмотреть его до половины».

Кинокритик и киновед Андрей Плахов характеризует фильм Басковой как «жестокую aнтимилитapистскую притчу».

Художник Владимир Сальников в «Художественном журнале» писал, что сюжет фильма настолько глуп и жесток, что «не вмещается в рамки какой-либо утилитарности или политической демагогии». По его мнению, если бы не тот юмористический эффект, который создают происходящие в картине диалоги и ситуации, «после просмотра ленты следовало [совершить роскомнадзор]». Тем не менее, художник описывает фильм, как первую ласточку «какого-то иного искусства», которое уйдёт от наработанных в киноиндустрии приёмов.

«Зелёный слоник» характеризуется как жест московских ситуационистов в сторону эстетского видеоарта. По словам киноведа Милены Мусиной, «фильм Светланы Басковой органичен настолько, насколько органичны человеческие испражнения», а «„природа фильма“ оказывается склизкой на ощупь, она воняет смесью мочи и блевотины, в неё вляпываешься ненароком, но обязательно… жрёшь её с копрофаговской страстью вместе с персонажем „Зелёного слоника“, жадно запихивающего экскременты в разодранный болью рот».

Критики также подчёркивают принадлежность ленты к трансгрессивному кинематографу, отмечая, что её художественная форма представляет собой «примитивизм и предельный натурализм», из-за чего создаётся эффект документирования происходящих событий.

Художник Антон Николаев сравнивал композицию фильма с анатомической моделью общества, существующей наподобие препарированной коровы Домиана Хирста, в которой несмотря на иерархию внутренних органов, всё неразрывно связано. По его мнению, «фильм снят в виде развёрнутого во времени перформанса — транс-action» с преломляющейся в реакциях персонажей жёстко намеченной сценарной линией.

Кинокритик Вадим Агапов сравнивал фильм с датской «Догмой», однако сама Баскова не соглашается с этим сравнением, отмечая, что у картин «разные манифесты»: «Догма» ориентирована на реализм, а «Зелёный слоник» показывает правду другими методами и в другом смысле, например, вылезающими из героев кишками, общее у этих лент, по её словам, только на уровне инструментария. Фильм также сравнивают с такими картинами, как «Человеческая многоножка» и «Сербский фильм».