В начале 1937 года Берггольц была вовлечена в «дело Авербаха», по которому проходила свидетельницей. После допроса, будучи на большом сроке беременности, она попала в больницу, где потеряла ребёнка. Первый муж, Борис Корнилов, был расстрелян 21 февраля 1938 года в Ленинграде. К середине 1938 года все обвинения с неё были сняты. Но через полгода, 13 декабря, Берггольц, находящуюся вновь на большом сроке беременности, арестовали по обвинению в «связи с врагами народа», а также как участника контрреволюционного заговора против Ворошилова и Жданова. Проходила по делу «Литературной группы», которое было сфальсифицировано бывшими работниками УКГБ по Кировской области. После побоев и пыток Ольга прямо в тюрьме родила мёртвого ребёнка.