География съёмок — Иран, а также Москва (кинопарк «Москино»). На этапе подготовки рассматривались локации России, Хорватии и Черногории, а позже — Марокко. Из-за эскалации конфликта между Израилем и Ираном съёмочную группу пришлось экстренно эвакуировать в ночь на 14 июня 2025 года.

Создатели сериала "Трудно быть богом" консультировались со специалистами, чтобы проработать детали вселенной и создать правдоподобный мир. Астрофизики помогли разработать устойчивую солнечную систему, в которой планета Арканар является спутником ледяного гиганта. С помощью религиоведов разработали ритуалы и церемонии на основе небесных явлений. Затем подключили футурологов для разработки космической станции с её уникальной системой гравитации и технологиями. Ботаники помогли создать флору планеты и объяснить её внешний вид факторами среды.

Во время съёмок в Иране использовались декорации, которые были построены для фильма «Мухаммад: Посланник Бога».

На территории Кинопарка «Москино» были построены уникальные декорации, которые расположились на площади 6,5 гектара. Среди них: дворец Кондора с действующим бассейном, акведук, десятки различных строений, большая скульптура «Воин на пуме» и аквазона площадью 1200 квадратных метров для подводных съёмок.

Вдохновением при создании арканарских костюмов и украшений послужили древние цивилизации Египта и африканские народы. Над изготовлением костюмов трудились 90 человек, и было создано более 1000 комплектов с использованием специально обработанных тканей, отражающих быт в условиях пустыни и засухи.

По словам художника Марии Антончик, при работе над образом дона Кубы она вдохновлялась культурой персидской династией Ахеменидов.

По словам сценариста Андрея Золотарева, после завершения работы над первым сезоном многие члены съёмочной группы сделали татуировки, посвящённые сериалу.

Кастинг сериала длился полтора года.

По словам Сергея Безрукова, который сыграл дона Кондора, сперва ему предложили другую роль, но он отказался.