> это ведь службы разведки, которые должны быть в курсе, что есть какие-то сверхлюди рядом, которые как бы угроза нацбезопасности.

ну, они и так в курсе
эта ситуация и называется Статутом

> Потом есть же маглорожденные, они вполне могут быть агентами магло-мира и поддерживать его, а не магов.

покажите мне, где можно присягнуть на верность магломиру
именно маггломиру, а не всяким местечковым ребятам, которые друг другу бы яйца вырвали с большим удовольствием

> Кроме магов есть еще магическая природа, которая кстати тоже может страдать от всяких там выбросов маггловских отходов, таяния ледников в Антарктике, заражения на Фукусиме и т.д.

если охотничьи байки из "Волшебных Зверей" канон - то скорее наоборот
как минимум один пример целенаправленного применения тварей против магглов там есть (причем выполненный абсолютно частными лицами, лол)