Ну, как минимум два алфавита существуют. Один - обычный японский, а второй - латиница, которой обозначают миссии и ранги шиноби.

Ну а так, ни разу языковых трудностей не возникало, ни с пришельцами из-за моря во втором фильме, ни с пришельцами со звёзд - разными Кагуями, Момошики и Киншики.

Это всё чакра, Мудрец таки соединил сердца людей!