Рельеф дна - это надо активно его щупать, что не всегда приемлемо.
А вот по магнитным аномалиям (коры планеты) ориентироваться уже давно начали, хоть это и хлопотно, и датчик считай во всю лодку размером.
Ещё вроде писали о пассивной акустике специфической, с использованием например чёрных курильщиков как аудиомаяков.