Я не шарю в расширенной, но во втором фильме показывается что очень многих джедаев заманили в ловушку на арене джеонозиса.

И был неиллюзорный риск что многих джедаев прямо на месте поубивают обычными дроидами.

К счастью предусмотрительный Йода заранее пригнал на орбиту планеты несколько батальонов клонов и когда стало совсем жарко оперативно дал приказ вмешаться и спасти окружённых джедаев.

На тот момент у Йоды просто выбора не было - либо руководить армией клонов, либо допустить гибель многих соратников-джедаев.

Ну а дальше джедаи просто не могли сложить с себя генеральские полномочия потому что был реальный риск что КНС победит в войне.