InCome
Тут главный вопрос в том, чтобы увидеть, что там, сто страниц назад, кто-то написал коммент к пятой главе. Выделение цветом при иерархической структуре конечно нужно (хоть какое-то выделение).

Основная проблема отдельных комментов к главам в том, что ты не можешь почитать все комменты на одной странице. С таким же успехом можно ставить ссылки на обсуждение этого фика в ВК там или на Дайрях. Переходить по бесконечным ссылкам из главы в главу неудобно.