Только их сначала собрали и начали применять, а потом уже переделали.
Причем, если я ничего не путаю, в их числе были десантники из легионов, приговоренных к полному уничтожению.
Экстраординарные меры в Империуме применяются ко всему, что связано с губительными силами и реальными масштабами угроз Империуму, чтобы уменьшить число возможных паникеров и перебежчиков, секретность вокруг Серых выглядит продолжением той же линии.
Важен сам факт того, что для борьбы с угрозами варпа допустимо отойти от эдикта. Масштаб отхода, само собой, зависит от масштаба угрозы - а масштаб такой, что демоны и еретические колдуны являются более-менее рутинным противником для всех Астартес, а не только Серых.

Вот только это и есть те, кто может принимать решения о создании или возрождении библиариумов.
Общее соображение: Император - прагматик и консеквенционалист, он в тридцатнике вполне себе терпел культ Механикум, при его-то отношении к религии, потому что там и тогда это было разумнее. Так и в 40k+ библиариумы ради дела потерпит.