Версий есть много. Вполне может быть, например, что идеологию он не настолько уж и разделял, хоть и относился к магглам презрительно. Но нищему полукровке - пусть и талантливому - трудно было бы пробиться самостоятельно. А Волдеморт мог предложить возможность продолжить образование, получить мастерство и т.д. (и вообще - сделать предложение, от которого не отказываются). К Слагхорну, скорее всего, нужно было найти подход - а дипломатом Снейп не был. К кому еще ему было идти? Не к аптекарю же на Косой.