Автор упоминал, что два ордена конкурируют не только на силовом поле, они занимаются еще конкуренцией в бизнесе, борятся за внимание финансовых воротил, промышленников и других. То есть денежки у них могут водиться, а флот им спускает Республика.

опять же, если флот реально такой маленький, как автор писал, то Республика может его себе позволить, и даже проблем не будет для бюджета. Другое дело, что этого флота тупо мало, чтобы решать проблемы в Республике. Триста фрегатов - в Империи счет шел на тысячи и тысячи, только так удалось повыбить большинство пиратов, плюс планетам свои флоты не запрещали.
В каноне Республика флота не имела, силы Юстиции были пшиком, джедаев всюду не хватало - но хоть планетам иметь свои силы не запрещали. Так что в своем фике автор выстроил парадоксальную ситуацию.