Фишка в том, что, судя по канону, Том из дневника знал ровно то, что произошло в мире и с ним до момента создания дневника. Остальное (в частности, что лорд Волдеморт пытался заавадить Гарри, но в итоге исчез сам) он знал только со слов Джинни. Поэтому ни о какой метке он знать не мог.