Ну, объективно, геноцид это немного так сказать превышение допустимого уровня самообороны. Эндер винит себя не за то что он воевал, а за Маленького доктора.
Это как если бы сосед отоварил тебя по лицу, а ты за это вырезал всю его семью.
Плюс, жукеры потом пытались связаться, законтачить как-то, но средства связи не позволяли.