У меня в своё время были мысли насчёт потенциальной подгонки системы чакры под гп-шную магию. Вызванные раздражением от примитивной бесконечно встречающейся в фиках идеи, что гп-магия - это сенчакра, и все тут.
Идея схожая с твоей, но телесную энергию у магов я бы не выбрасывал. В смысле, да, у магов нет СЦЧ, нет каналов и танкецу, но это не значит, что у них нет телесной энергии. В конце концов, есть же наследуемые магические качества вроде парселтанга, метаморфизма, пророческого дара и т.п. Так что маги кроме духовной должна иметь и физическую составляющую. В рамках этой теории я думал так: у магов есть сила души, сила инь - основа их магического дара. Те, у кого инь очень мало - сквибы. У кого просто мало - волшебники с низким потенциалом. Есть у магов и ян. Роулинг не зря упоминала, что волшебники в целом крепче, здоровее и живут дольше. Конечно, маги и близко не настолько крепкие и сильные, как шиноби, но это потому что у них нет специализированного органа для смешивания энергий. Тем не менее, и без СЦЧ инь некоторым образом взаимодействует с ян, давая классическую беспалочковую магию: все эти детские выбросы и прочее. Без ян инь крайне слабо влияет на физический мир, поэтому Волдеморт, лишившись тела, был так слаб, поэтому призраки способны только на слабые фокусы вроде несильного телекинеза (Миртл). Однако вместе с инь ян даёт полноценную магию, с помощью которой Том Риддл колдовал в приюте, с помощью которой Гарри в детстве перекрасил волосы учительнице и удалил стекло в зоопарке.
Ян зависит от магической наследственности, то есть от чистоты крови, так что в каком-то смысле сторонники чистокровности правы. Но ян вторична, это лишь коэффициент, на который умножается изначальная магическая сила, которая исходит от инь. Поэтому Гермиона сильнее Гойла.
И, наконец, природная энергия. То, к чему волшебники получают доступ с помощью волшебной палочки. Она в разы, в десятки раз увеличивает силу магического воздействия (или снижает затраты на него, смотря с какой стороны смотреть). Природная энергия мира гп гораздо "приветливее" для пользователя, чем в мире Наруто. Она не несёт таких рисков, как сенчакра. Она сама "помогает" пользователю. Она выступает и как некое информационное поле, которое "запоминает" все придуманные заклинания, ритуалы и зелья, поэтому волшебнику достаточно выкрикнуть Левикорпус, чтобы заклинание сработало, даже без понимания его действия (в отличие от шиноби, которым нужно тренировать каждое дзюцу).
Волшебная палочка, созданная из материалов, наполненных природной энергией, позволяет легко обращаться к этой природной энергии.
Шиноби сильны за счёт СЦЧ, волшебники - за счёт запредельного уровня взаимодействия с природной энергией.