Зависит от требований сверху. В смысле, мне как исполнителю работ, как-то пофиг, но допустим, есть родственники человека, которые религиозные или нерелигиозные, или суеверные, или ещё что, они могут хотеть "переделать". Или "оставить, как было". Есть организованная религия, к которой принадлежал покойный, и она хочет, чтобы так-то и сяк-то. Есть общественные организации или вовсе государство, идеология которых или высокие чины в которых хотят так-то и сяк-то.

Если таких товарищей нет, то перезахороню в исходном виде. Потому что за допработу мне не платят, а потом ещё скажут, что я "осквернял останки покойного", тьфу. Лучше перебдеть и ничего не трогать. Ещё лучше не забыть подать официальный запрос насчёт ситуации церкви, родственникам или организации, с которыми мог быть связан покойный, раз мы обнаружили, что он в странном виде захоронен был. Ну и работодателям моим, кто перезахоронение заказал, тоже, по сути, так перекинем ответственность с себя на работодателя и прочих лиц. Как скажут, так и делаем. Люди странные, у них всякие суеверия по отношению к останкам давно мёртвых людей, поэтому перестраховываться всегда полезно.

Ну и в целом глянуть, как вообще в мире/моей стране с этим вопросом решают.